Almarhum wafat di kediamannya, Kampung Bulak Rata, RT 02/08, Kelurahan Pondok Rajeg, Kecamatan Cibinong, Kabupaten Bogor.
Anton Medan sempat dirawat di RS EMC Sentul selama seminggu karena diabetes, Desember 2020 lalu.
Rencananya, almarhum akan dimakamkan di sebelah masjid Jami Tam Kok Liong, kawasan pesantren At Taibin.***