Belum mengenal apa-apa kemungkinan besar masa lalu yang menyebabkan peradaban prasejarah Indonesia terus-terusan musnah.
Hipotesisnya adalah ketika ada peradaban dan sudah maju dihajar oleh bencana tsunami atau gunung meletus sehingga peradaban tersebut musnah.
Maka muncul kembali dan mulai dari nol kemudian hal serupa terjadi lagi hal ini tidak mengherankan karena Indonesia adalah rumah dari ratusan gunung api dan tercatat sebagai negara dengan garis pantai terpanjang di dunia.
Terlebih lagi posisi Indonesia yang berada di garis khatulistiwa membuat Indonesia lebih rentan terhadap berbagai bencana alam.
Pendapat lain juga dikemukakan bahwa ada peradaban tua yang pernah ada di situs Gunung Padang.
Hal itu dibuktikan dengan penemuan logam gerabah dan cara mereka menyusun batuannya, setrukturnya memang kelihatan sederhana namun efektif menahan bencana tanah longsor maupun gempa bumi.
Baca Juga: WOW, 5 Zodiak Ini Dicintai Banyak Orang, Nomor 2 Paling Jago Bikin 'Klepek-klepek' yang Melihatnya
sementara keberadaan batu-batu berjenis columnar joint yang terpotong rapi di sekitar Puncak Gunung Padang mengisyaratkan bahwa manusia pada masa itu sudah mengenal teknologi memotong batu dan juga memindahkannya ke puncak bukit batu-batu itu.
Menurut para peneliti bukan berasal dari Gunung Padang melainkan dipotong-potong menjadi sedemikian rupa dan diangkut oleh manusia dari kawasan luar Gunung Padang ke puncak bukit.