Photthavong Sangvila membuat Laos unggul pada menit ke-11 sebelum Ayush Ghalan menyamakan kedudukan tujuh menit kemudian.
Manish Dangi mencetak gol kemenangan dengan tiga menit tersisa.
Nepal akan menggunakan pertandingan persahabatan ini untuk mengakhiri persiapan Kejuaraan SAFF.
Mereka telah dikelompokkan dalam Grup A bersama Kuwait, India dan Pakistan.
Filipina, sementara itu, akan menghadapi Tionghoa Taipei dalam pertandingan persahabatan akhir pekan depan.
H2H Filipina vs Nepal