Mahfud MD kemudian mulai terdengar luas saat terpilih sebagai Menteri Pertahanan oleh presiden Abdurrahman Wahid periode 2000-2001.
Mahfud MD juga sempat merangkap Menteri Kehakiman dan HAM saat itu setelah tidak menjadi eksekutif lagi Mahfud melirik terjun kedunia legislatif dengan bergabung dengan partai amanat nasional.
Selalu pindah haluan ke partai kebangkitan bangsa pada Pemilu 2004 bangsut terpilih sebagai anggota legislatif dari PKB periode 2004-2009 pada 2080 yang lolos seleksi dan terpilih sebagai ketua Mahkamah Konstitusi periode 2008-2013.
Pada kurun gelas hingga 2018 ia menjadi salah satu anggota dewan pengarah unit kerja presiden pembinaan ideologi Pancasila.
Pada 2017-2018 serta berlanjut menjadi anggota dewan pengarah badan pembinaan ideologi Pancasila tidak Mahfud MD menjabat sebagai menteri koordinator bidang politik hukum dan keamanan Menkopolhukam sejak 2019-2024 pada Agustus 2020.
Ia juga dilantik menjadi ketua komisi kepolisian nasional kompolnas jabatannya itu diamanahkan pada pria 65 tahun ini hingga tahun 2024.
Gaya hidup bersahaja dan berintegritas
Di kalangan media sosok Mahfud adalah pribadi yang bersahaja dengan sorotan mata tajam ya ia selalu tampil dengan rambut yang terlihat agak gondrong dan cenderung kurang klinis nada bicaranya beraksen Madura terlihat dingin namun tegas apa adanya yang berinteraksi kuat ucapannya terstruktur dan bersikap legowo pada kritik.